Uno de los aspectos más importantes de lo que es la filosofía organizacional de una institución, lo constituyen los valores, que no son más que las normas generales y básicas que regirán el comportamiento del recurso humano que forma parte de la institución. Por ello resulta vital que los valores, real y efectivamente, expresen el sentir y pensar del personal de la Junta Central Electoral, así como su identificación con los mismos. Todo cuanto se haga debe estar basado en los aspectos definidos como valores, y con ello buscamos garantizar los principios fundamentales de los ciudadanos.
Partiendo de las funciones que la Constitución de la República y las leyes ponen bajo responsabilidad de la Junta Central Electoral, hemos definido cuáles deben ser los valores que normen todas nuestras actuaciones y decisiones, a saber son estos: